Здравствуйте! Ситуация Ваша спорная, потому что требование налогового органа такое: в соответствии с п.п.1 п. 1 ст. 146 НК РФ имущество, переданное в счет отступного по договору займа, облагается НДС. Имущество, которое Вы купили без НДС, тоже облагается налогом в соответствии с применяемой Вами обычной системой налогообложения. Такой точки зрения придерживаются многие суды.
Но есть Постановление ФАС УрФО от 16.07.2013 по делу №А47-9946/2012 с обратной точкой зрения.
Поэтому Вам нужно оценить риск доказывания в суде Вашей точки зрения.