Здравствуйте!
В данном регистре налогового учета я не вижу ничего особо страшного. Вычет с копейками потому, что сумма вычетов с начала года превышает полученный доход, поэтому налоговая база считается равной нулю, а сумма вычетов, соответственно, равна сумме дохода, поэтому появились копейки, это вполне нормально.
Сторнирования и начисления одной и той же суммы - это уже не очень хорошо, конечно, с точки зрения 6-НДФЛ, т.к. нужно отследить, как эти суммы в ней отражались. Но там все более-менее логично, на мой взгляд: сначала был облагаемый доход (отпускные), с них начислен НДФЛ. Потом (в апреле) при получении следующего дохода произошел перерасчет НДФЛ, он сторнировался, т.к. сумма вычетов, на которые сотрудник имеет право с начала года, превысила доход - тут все правильно. А в сентябре снова происходит перерасчет, т.к. программа увидела ошибку в датах получения дохода (алгоритмы перерасчета НДФЛ постоянно обновляются, поэтому после очередного обновления стали выполняться такие действия). Если Вы посмотрите, то увидите, что они отличаются: 05.04 и 30.04 (то есть по сути, программа только откорректировала дату получения дохода, поэтому одна и та же сумма прошла плюсом и минусом). Не знаю, правомерна ли эта операция, тут Вам виднее, как происходило начисление и какого числа была выплата (что считать корректной датой получения дохода).