Полномочия руководителя действуют со дня подписания протокола собрания участников. Трудовой договор составлен с нарушением закона.
Расписки от физ лиц не имеют юридической силы. Должны быть договоры подряда. Но если бы они были, у Вас должны быть официальные начисления доходов, налогов и т.п. Вы приняли правильное решение, не приняв расписки к учету.
Вы можете составить акт выполненных работ по ремонту во время полномочий нового руководителя. Работы могли начаться при предыдущем руководителе, а закончиться при действующем.
Чеки, датированные периодом действия полномочий Перова, нужно оформить на него, договор займа тоже. А при смене руководителя оформить внесение займа от Иванова и возврат займа Перову.
Напоминаю, что даты бухгалтерских операций должны быть текущими, а не 2015 года.
Я не понимаю, о чем идет речь: "Другой вариант, подаем в суд на компанию суд выигрываем и по решению суда я все завожу в программу?". По решению суда Вы можете получить компенсацию.
Какая главная цель: уменьшить задолженность по подотчетным суммам руководителя или получить компенсацию расходов на ремонт офиса?